The Matrix Revisited'te, Neo adlı bir bilgisayar programcısı yaşadığı dünyanın aslında bir simülasyon olduğunu fark eder. Bu keşfin ardından Morpheus ile görüşür ve Trinity rolünde Carrie-Anne Moss var. Neo, onların yardımıyla sistemin dışına çıkmanın yolunu arar. Ajanlar peşine düşer, makineler her adımını izler. Neo, kendi sınırlarını zorlayarak hayatta kalmaya çalışır. Bu süreçte Keanu Reeves, Neo rolünde yer alır. Morpheus rolünde Laurence Fishburne var. Film, Matrix evreninde çekimlerin nasıl kurulduğunu ve bu dünyanın nasıl işlendiğini de gösterir.