Kazuma Aoki, UNGCC için çalışan genç bir pilottur. Kurum, Mecha-King Ghidorah’ın kalıntılarını bulur ve Godzilla’ya karşı kullanmak için Mechagodzilla’yı kurar. Bu sırada bir adada büyük bir yumurta ortaya çıkar, çevresinde Rodan belirir. Kazuma, Azusa Gojo ve Miki Saegusa bu olayı izlerken yumurtanın içinden beklenmedik bir canlı çıktığını öğrenir. Canlı, bir Godzillasaurus yavrusudur. Godzilla da bölgeye yaklaşınca ekip, dev yaratıkları kontrol altına almak için acele eder. Ancak yeni robot ile Godzilla arasındaki çatışma hızla büyür ve herkes yumurtayı korumak için mücadele eder.