Zıpır Dedektif ve Altın Arı Kovanı, Bal Tepeleri’nde kaybolan kutsal arı kovanını bulmak için zamana karşı çalışan Zıpır Dedektif’in hikayesini anlatıyor. Kasabada geleneksel kutlamalar yaklaşırken Altın Arı Kovanı ortadan kaybolur. Baş dedektif Sophie şehir dışında olduğu için işi Zıpır Dedektif üstlenir. Törene sadece bir gün kalmıştır ve kovan bulunmazsa kasaba talihsizlikle karşılaşacaktır. Zıpır Dedektif, ipuçlarını tek tek izler, tanıkları dinler ve olayları birbirine bağlamaya çalışır. Bal Tepeleri sakinleri ondan sonuç beklerken, o her adımda yeni bir şüpheyle karşılaşır. Kovanı kimin aldığını öğrenmek için kasabanın dört bir yanını dolaşır ve gerçeğe yaklaşmaya çalışır.