G.I. Joe: Snake Eyes'te, Snake Eyes babasının ölümünü gördükten sonra katili bulmak için yola çıkar. İzini sürerken Arashikage klanına katılır ve burada savaşçı eğitimi alır. Tommy ve Akiko ile yakınlaşır, ancak klanın içine girerken güven kazanmak için zorlu sınavlardan geçmek zorunda kalır. Bu sırada Storm Shadow ile bağı giderek karmaşıklaşır. Snake Eyes, geçmişinden taşıdığı öfkeyle yüzleşir ve G.I. Joe ekibiyle de karşı karşıya gelir. Robert Schwentke yönetiyor.