Görevimiz Tehlike III, Ethan Hunt’ın Owen Davian’ı yakalamak için tehlikeli bir operasyona girişmesini anlatıyor. Ethan Hunt, IMF ekibiyle birlikte Davian’ın peşine düşer ve onu durdurmak için çeşitli ülkelere uzanan bir takip başlatır. Luther ve Musgrave, görevde Ethan Hunt’a destek verirken, Julia da onun hayatındaki en önemli kişi olarak ortaya çıkar. Ancak Davian, beklenenden daha sert karşılık verir ve ekip sık sık hazırlıksız yakalanır. Ethan Hunt, hem ekibini korumaya hem de Davian’ın izini sürmeye çalışırken, karşısına çıkan engeller giderek büyür.