Solomon Lane yakalandıktan iki yıl sonra, John Lark adlı gizemli bir liderin yönettiği Apostles örgütü yeniden ortaya çıkar. Grup, üç plütonyum çekirdeğini ele geçirmek ister. Ethan Hunt ve ekibi, bu planı Berlin’de durdurmaya çalışır ancak görev ters gider. Ethan, Luther’ı ve Apostles üyelerini istemeden kurtarır, çekirdekler ise kaybolur. Bunun üzerine Ethan, Benji, Ilsa ve yeni gelen August Walker, çekirdekleri bulmak için farklı şehirlere uzanan bir kovalamacaya girer. CIA de peşlerine düşer, çünkü yaşananlar daha büyük bir tehdidin kapısını açar. Ethan, hem zamanı hem de eski düşmanlarıyla bağlanan bu tehlikeli ağı aşmak zorundadır.