Mission: Impossible - Hayalet Protokol, Ethan Hunt ve ekibinin Kremlin’deki patlamadan sonra suçlu ilan edilmesini ve kendilerini aklamak için kendi başlarına görev üstlenmesini anlatıyor. IMF kapatılma tehlikesi yaşar ve Ethan, Jane, Benji ve Brandt dış destek almadan çalışmaya başlar. Ekip, Moskova’da iz sürer, Dubai’de Hendricks’in peşine düşer ve Burj Khalifa’ya tırmanan Ethan büyük risk alır. Ardından Mumbai’ye giderler, bir partiye sızıp Hendricks’in planını durdurmaya çalışırlar. Görev boyunca ekip, iletişim kurmadan hareket eder ve birbirine güvenerek ilerler.