Deep Sea Mutant Snake, nişanlısının ölümünün ardından Qin Yu’nun bir şirketin peşine düşmesini anlatıyor. Qin Yu, Cass Corporation hakkında bilgi toplamaya başladığında, nişanlısının güvenliği için zaten kaygı duymaktadır. Ölüm haberi gelince bu kaygı yerini şüpheye bırakır. Olayın arkasında şirketin olduğunu düşünür ve gerçeği bulmak için harekete geçer. İz sürdükçe çevresindeki tehlike artar, bazı kişiler onu durdurmaya çalışır. Qin Yu buna rağmen geri adım atmaz. Karşısına çıkan her yeni ipucu, onu şirketin geçmişine ve saklanan bağlantılara biraz daha yaklaştırır. Araştırması derinleştikçe, yolunun beklenmedik insanlarla kesiştiği bir sürece girer.