Siyah Giyen Adamlar 2'te, Jay Siyah Giyen Adamlar örgütünde görev yapmayı sürdürürken sıradan görünen bir cinayet dosyası onu Serleena'nın izine götürür. İnsan kılığına giren bu varlık, dünyaya yerleştirdiği bir cihazla pek çok gezegeni ele geçirmeye hazırlanır. Jay, bu planı durduracak bilginin Kay'in silinmiş hafızasında saklı olduğunu öğrenir. Kay'e hayat veren Tommy Lee Jones, yıllar sonra yeniden sahaya dönüyor. Jay, eski ortağını örgüte geri almak için uğraşır ve ona kayıp anılarını geri kazandırmaya çalışır. İkili, Zed'in yönlendirdiği bu işte Serleena'nın peşine düşer. Yol boyunca Scrad da karşılarına çıkar ve işleri daha da zorlaştırır.