Siyah Giyen Adamlar 3, Ajan J'nin, Ajan K'yı bulmak için geçmişe gidip dünyayı tehdit eden bir saldırıyı durdurma çabasını anlatıyor. J, günümüzde K'nın ortadan kaybolduğunu fark ediyor ve zamanın içinde geriye sıçrayıp 1960'lara ulaşıyor. Burada genç K ile karşılaşıyor, onunla birlikte Boris The Animal adlı tehlikeli bir düşmanın izini sürüyor. Boris, geçmişte işlediği bir suçun sonucunu değiştirip bugünü bozmak istiyor. J, New York sokaklarında ipuçlarını topluyor, gizli örgütün içinde hızla hareket ediyor ve K'nın kaderini korumaya çalışıyor. Ancak attığı her adım geleceği daha da zorlaştırıyor, şimdi J bu zinciri kırıp dünyayı kurtarabilecek mi?