Robert Eggers, tarihi dönemleri sert ve rahatsız edici bir dille anlatan filmleriyle tanınır. Deniz Feneri, onun bu yaklaşımını kapalı bir adada geçen iki kişilik bir hesaplaşmaya taşır. 1890'lı yıllarda New England açıklarındaki ıssız bir adada, Thomas ve Ephraim birlikte çalışır. Günlerce fırtına dinmez, deniz kabarır ve adadan ayrılmaları mümkün olmaz. Thomas, deniz fenerinin üst katına çıkmayı Ephraim için yasaklar. Ephraim bu yasağı delmek ister, ama her denemesi ikisi arasındaki gerginliği büyütür. Dar alanda geçen günler uzadıkça yemek, içki ve yalnızlık onları daha da yorar. Thomas, Ephraim'e ağır işler yükler, Ephraim ise ona güvenmemeye başlar. Adadaki sessizlik bozuldukça, ikisi de birbirinin niyetinden şüphe eder.