Lana ve Lilly Wachowski, bilimkurgu sinemasının en tanınan adlarından biri olarak bu filmde hikâyeyi yeniden harekete geçiriyor. Niobe, Logos ile Zion’a acil bir toplantı çağrısı yapar ve kaptan Thadeus’tan kalan bilgileri getirir. Buna göre 250.000 nöbetçi Zion’a doğru tünel kazmaktadır. Komutan Lock, Neo, Trinity, Morpheus ve Link’e gemileriyle birlikte hemen Zion’a dönmelerini emreder. Toplantı sırasında Ajan Johnson, Jackson ve Thompson ortaya çıkar, Neo üç ajanı durdurur ve Kâhin’in dairesine gider. Orada kimseyi bulamaz. Morpheus ise Lock’un emrine karşı çıkar, Kâhin’le bağlantı kurmak için geride kalır. Caduceus, Kâhin’den bir mesaj alır. Bu sırada Bane, Ajan Smith tarafından ele geçirilir. Smith, Bane’in bedeninde Matrix’ten çıkar. Zion’a dönen ekip, yaklaşan makinelerin tehdidini halka anlatan Morpheus’un toplantısına katılır. Neo ertesi gün Kâhin’den yeni bir mesaj alır ve Seraph ile buluşur. Başrollerde Keanu Reeves, Laurence Fishburne, Carrie-Anne Moss, Hugo Weaving ve Jada Pinkett Smith yer alıyor.