Neo, makinelerle insanların savaşının ortasında kalan bir savaşçıdır. Bane ile birlikte Hammer’ın tıbbi bölümünde baygın yatarken, kendini Mobil Ave adlı sahte bir metro istasyonunda kapalı bulur. Burada zihninin bedeninden ayrılabildiğini fark eder ve gerçek dünyada da gücünü kullanmayı öğrenir. Zion, yaklaşan saldırıya hazırlanırken Neo’nun arkadaşları onu Merovingian’dan kurtarmaya çalışır, ancak başka bir tehlike daha vardır. Neo, Smith’in planını öğrenmek için Oracle’a gider. Oracle savaşın biteceğini söyler, ardından Smith onu içine alır ve yeni bir üstünlük kazanır. Gerçek dünyada ekipler Logos’u bulur, Bane sorgulanır. Neo, Makineler Şehri’ne gitmek ister. Trinity ile yola çıkar, Bane de Logos’ta ortaya çıkar ve onu rehin alır. Neo, onun Smith tarafından ele geçirildiğini anlar ve dövüş başlar. Neo Bane’i öldürür, Trinity ise onları makinelerin merkezine doğru yönlendirir.