Matrix Resurrections, Neo’nun yeniden Matrix’e çekilmesini, Trinity’yi kurtarmak için verdiği mücadeleyi ve yeni bir düzen içinde gerçekliği geri almaya çalışmasını anlatıyor. Thomas Anderson, Neo adıyla bilinen bir video oyunu tasarımcısı olarak yaşamaktadır, ancak gördükleriyle gerçek arasındaki sınırı kaybetmiştir. Psikiyatristi ona mavi haplar vermektedir. Morpheus’un genç bir versiyonu ile Bugs, Neo’yu bulup onu uyandırmaya çalışmaktadır. Neo, Matrix’in hâlâ çalıştığını fark etmektedir. Trinity ise Tiffany adıyla başka bir hayat sürmektedir. Makineler, insanların enerjisini toplamak için yeni bir Matrix kurmuştur. Neo ile Trinity’nin bağı, bu sistemde önemli bir yer tutmaktadır. Neo, gerçek dünyada Io adlı şehre ulaşmaktadır ve burada Niobe ile tanışmaktadır. Ardından Neo ve ekibi, Trinity’yi kurtarmak için Matrix’e geri dönmektedir.