Yağmurda Seninle, Tokyo’ya kaçan bir lise öğrencisinin, yağmuru durdurabilen bir kızla kurduğu bağı konu alıyor. Hodaka Morishima, adadaki evini bırakıp Tokyo’ya gelir ve kısa sürede parasız kalır. Günlerini iş arayarak geçirir, sonra küçük bir dergide yazmaya başlar. Şehirde yağmur dinmezken yolu Hina Amano ile kesişir. Mori Nana’nın oynadığı Hina, küçük kardeşiyle yaşar ve güneşi kısa süreliğine ortaya çıkaran özel bir güce sahiptir. Hodaka bu yeteneği öğrenince onunla birlikte insanlara açık hava sağlayan küçük bir iş kurar. İşler başta yolunda gider, ama bu güç Hina için ağır bir bedel çıkarır. Hodaka da onu korumak için zor kararlar almak zorunda kalır.