X-Men, mutant gençlerin bir araya geldiği bir okulda, insanlarla mutantlar arasındaki çatışmayı anlatıyor. Profesör Xavier, özel güçleri olan gençleri topluyor ve onları eğitiyor. Logan, Jean Grey ve Cyclops bu ekibe katılıyor. Magneto, mutantların üstün olduğunu savunarak insanlara karşı saldırı planlıyor. Senatör McKelly de mutantları yok etmek için baskı kuruyor. X-Men, Magneto’nun planlarını durdurmak için harekete geçiyor. Bu sırada Xavier ile ekip, kendi aralarında da gerilim yaşıyor. Mücadele, onları hem birbirine bağlıyor hem de yeni tehlikelerin içine çekiyor.