Jean Grey, uzayda yürütülen bir kurtarma görevi sırasında gizemli bir güçle karşılaşır. Dünya’ya döndüğünde bu güç onun içinde büyür ve Jean, daha önce kontrol edemediği bir enerjiyle yaşamaya başlar. Charles Xavier ve X-Men ekibi, onu durdurmak için harekete geçer. Ancak Jean’in değişimi, ekip içindeki bağları da zayıflatır. Scott Summers ve Hank McCoy, onu geri kazanmak için çabalarken, Erik Lensherr kendi yöntemleriyle devreye girer. Bu sırada yeni bir dış tehdit ortaya çıkar ve X-Men, hem Jean’le hem de bu düşmanla yüzleşmek zorunda kalır.