X-Men: Son Direniş'te, mutantların insanlar gibi yaşayabilmesi için bir tedavi bulunur. Bu tedavi önce umut yaratır, ama hükümet bunu zorla uygulamaya başlayınca gerginlik büyür. Magneto, mutantları kendi etrafında toplar ve direnişi başlatır. Logan, Charles Xavier ile birlikte insanlarla mutantlar arasındaki çatışmayı durdurmaya çalışır. Ororo da bu mücadelede ekibe destek verir. Fakat Jean Grey geri döner ve Phoenix gücüyle herkesi zor durumda bırakır. Logan, Charles Xavier ve Magneto aynı cephede yeniden karşı karşıya gelir, sokaklar savaş alanına döner.